产业学院实行理事会领导下的院长负责制，设置理事会、专家指导委员会，形成共建共管的组织架构。

理事会：负责审定产业学院的发展规划、年度工作计划、财务预算决算、工作绩效情况以及学院领导成员的聘任等重大事项。理事会成员由校企双方组成，共七名理事，潍坊科技学院委派五人，潍坊市儿童福利院委派两人，理事长由潍坊科技学院副校长担任。

产业学院设院长1人，由潍坊科技学院马克思主义学院院长担任，设副院长2人（潍坊科技学院马院1人，潍坊儿童福利院1人），下设综合办公室、产教融合教研室、学生工作办公室，分别负责管理、教学、学生工作。

组织运行架构

专家指导委员会：主要负责对产业学院的发展规划、人才培养、教学研究、科学研究等提供支持和咨询。专家主要有张新民，潍坊市社会工作协会会长兼书记近十年完成省部级、市级以上社科课题7项，发表论文20篇，撰写各类文章稿件近百篇。张光辉，高级社会工作师，2016年以来先后完成省市级研究课题6个，其中3项被评为市级优秀课题。马丽丽，高级社会工作师，发表文章11篇，多篇研究成果被评为潍坊市社科联重点课题优秀课题。专家指导委员会原则上每学期召开1次会议，临时会议可根据工作需要由委员会主任决定召开。